Nouveaux variants de la Covid-19 : la fin des haricots pour l’Afrique ?

Article : Nouveaux variants de la Covid-19 : la fin des haricots pour l’Afrique ?
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16 janvier 2021

Nouveaux variants de la Covid-19 : la fin des haricots pour l’Afrique ?

Depuis le début de l’épidémie apparue à Wuhan en décembre 2019, plusieurs mutations du Sars-Cov-2, le virus responsable de la Covid-19, ont fait leur apparition. Cependant, deux variants apparus ces derniers mois, inquiètent plus que les autres la communauté scientifique. Un apparu en Angleterre, dénommé le SARS-CoV-2 VOC 202012/01 ou souche B.1.1.7 (501Y.V1) et le deuxième en Afrique du Sud,  501Y.V2. Ils semblent tous deux se propager beaucoup plus vite et personne ne peut assurer qu’ils soient moins virulents, ni même que les vaccins tout fraichement sortis de l’usine seront efficaces contre eux.

L’arrivée de nouveaux joueurs dans la partie

Le sars-Cov-2 est un virus à ARN et comme tous les virus de cette classe, on s’attends à ce qu’il subisse une ribambelle de mutations au cours de son évolution. Jusqu’ici, les mutations se faisaient dociles, voire insignifiantes. Elles n’impliquaient aucun changement majeur dans la structure génomique de ce virus et encore moins dans sa capacité à se propager. On dirait que notre cher coro-coro en a eu marre de mener sa petite vie tranquille. Il a décidé de donner un léger coup de fouet à son évolution et par ricochet, un nouveau tour de manège à l’humanité. C’est donc parti pour se faire de nouvelles frayeurs.

Les mutations actuelles s’opèrent au niveau de la protéine S (Spike). Cette partie du virus sert de bras d’attache au récepteur ACE2 des cellules humaines. En d’autres termes, la clé qui ouvre la porte d’entrée des cellules pour ce virus. Des études menées en laboratoire sur des modèles cellulaires et animaux rapportent que le virus est beaucoup plus transmissible, grâce à ces deux nouvelles mutations.

Un virion de Coronavirus présentant les protéines Spike (en rouge) à sa surface. Crédit Photo : CDC sur Unsplash

Pour nous autres scientifiques, c’est de l’or en barre, ce nouveau Coronavirus. L’engouement est total, les passions se ravivent, une course après la montre, sans parler des subventions et autres financements qui pleuvent de toute part, plus les publications qui crépitent. On est refait, là ! En plein dans une série télévisée : Covid-19, saison 2. La recherche scientifique au cœur de l’action. Mais je m’emballe, revenons à nos moutons.

Les questions que l’on se pose

L’arrivée de ces nouvelles mutations soulève une pléiade de questions. Comment évolueront-elles dans l’organisme ? En cas d’infection ? De réinfection ? Les symptômes associés à ces nouveaux variants sont-ils plus graves que ceux observés lors de la première vague de Covid-19 ? Sont-ils plus dévastateurs ? Plus mortels ? Et quid de l’immunité acquise lors d’une précédente infection à un ancien variant ? Est-elle efficace contre les nouveaux ? Sont-ils détectables avec les tests PCR communs ? Est-ce la fin des haricots pour une grande partie de la africaine qui semblait épargnée jusqu’ici ? Surtout quant on sait que le variant sud-africain semble être plus transmissible que les autres souches répertoriées en Afrique.

J’ai envie de dire, la suite dans un prochain numéro, mais ce serait cruel pour vous, non ?

Les réponses actuelles

D’après plusieurs revues scientifiques, il apparaît une très grande différence de transmissibilité entre les anciennes formes et les nouvelles apparues au Royaume-Unis et en Afrique du Sud. Mais à cette étape de la recherche, il n’y a pas assez d’informations pour dire de manière définitive si les manifestations cliniques associées à ces variants sont plus ou moins graves. Quand à l’immunité acquise après une première infection de Covid-19, elle serait efficace sur ces nouveaux variants.

En effet, une fois que notre organisme combats une infection, le système immunitaire garde des marqueurs pour identifier cette infection. Ces marqueurs sont multiples et variés. Ils ne se limitent pas qu’à une seule partie de l’élément infectieux. Ainsi les mutations actuelles apparues sur la protéine S favorisent la transmissibilité du virus, certes, mais ne le mettent pas à l’abris d’une reconnaissance par des anticorps préalablement entrainés.

Ceci dit, une immunité acquise après une première contamination ne nous protège pas éternellement non plus. Celle du Sars-Cov de 2002-2003 durait 2 ans en moyenne ; et les experts estiment que celle du coronavirus actuel aura sensiblement la même durée de protection. En réalité, seul le temps nous le diras.

Credit Photo. Benjamin Lehman sur Unsplash.

L’efficacité des tests PCR sur les nouveaux variants

Il a déjà été démontré que la délétion observée à la position 69/70 dans le variant anglais est responsable d’une baisse de performance avec les kits de diagnostic PCR qui détectent particulièrement la protéine S. Des spécialistes se veulent rassurant, car la majorité des kits détectent une large panoplie de marqueurs viraux (pas que la protéine S). De plus, les mutations qui apparaissent apportent des changements généralement insignifiants.

Contrairement au variant anglais, dont les premiers cas ont été suivis et largement étudiés, le variant sud-africain reste mal documenté. Là je suis vraiment obligé de le dire, la suite dans un prochain numéro

Credit Photo : JC Gellidon sur Unsplash

Des vaccins mort-nés ?

Les vaccins à ARN-messager en cours d’administration en Europe sont construit autour de la protéine S. Ils sont sensés immuniser les gens en entraînant leurs organismes à construire des anticorps spécialisés contre cette protéine. L’une des mutations concerne la protéine S et soulève bien des inquiétudes. Ainsi mutée, cette protéine pourrait échapper complètement aux anticorps et anéantir l’efficacité de ces vaccins. Ceci avant même qu’on sache si on en veux ou pas.

Tous les vaccins ne sont pas basés sur cette technologie, et donc ne sont pas tous sous le coup de la menace que représente cette mutation. Certains des vaccins sont fabriqués grâce à des virus atténués ou des anticorps prélevés sur des personnes qui avaient la Covid-19. En ce sens, ils pourraient moins bien fonctionner si le virus venait à muter. Cependant, une experte immunologiste de Yale pense que les nouveaux vaccins induisent une réponse immunitaire large qui sera probablement en mesure de reconnaître et de répondre à la plupart des variantes. Au final, cette question sur l’efficacité des vaccins sur les nouvelles souches reste entière.

L’Afrique va-t-elle subir les affres de ces nouveaux variants ?

Des exercices de modélisation avec le variant B.1.1.7 anglais estiment que ce nouveau variant sera 70 % plus transmissible, mais il ne serait pas plus sévère que la première forme apparue à Wuhan. Pareil pour le variant 501Y.V2 sud-africain : des résultats d’analyses génomiques révèlent qu’il déclasse rapidement les autres formes circulantes dans les provinces du Cape (Est) et du KwaZulu-Natal en Afrique du Sud.

Des études préliminaires sur ce dernier montrent qu’il est associé à une plus grande charge virale et donc aurait une plus grande transmissibilité. Néanmoins, il faudrait des études plus approfondies pour statuer sur l’impact réel de ces récentes mutations sur l’évolution de la pandémie en Afrique ou dans le reste du monde. Et bien que certains experts se veulent rassurant en soulevant le large spectre d’action des vaccins, il faudrait attendre encore quelques semaines pour avoir les réponses définitives à toutes ces questions.

En conclusion, ces mutations sont sur toutes les lèvres. A la Une de toutes les revues scientifiques, mais au final, il n’y a pas grand chose à en dire pour le moment. Toute cette montagne pour accoucher d’une souris. Du coup, je reviendrais dans un mois ou deux actualiser ce billet. D’ici là, gardons les bons gestes : mettons nos masques, lavons-nous régulièrement les mains et respectons les distances de sécurité.

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